O Ubuntu nunca substitui um kernel por outro, todas as versões do kernel são instaladas em paralelo, então você pode escolher qual kernel inicializar no GRUB.
Antes da atualização, você deve certificar-se de que o meta-pacote linux esteja instalado, sempre depende do último kernel oficial da sua versão do Ubuntu. Também recomendaria desinstalar o kernel personalizado e executar a atualização com o kernel 3.0 do padrão 11.10.
Após a atualização, verifique this , aqui você pode obter o 3.3 kernel para 12.04. Por favor, note que o kernel 3.2 oficial do 12.04 backports coisas de 3.3, por isso, se você precisar de alguns novos drivers etc. primeiro tente o kernel 3.2 antes de atualizar para um novo kernel não oficial.