Abrir com não é destinado a esse caso de uso. Mesmo se fosse possível, por (por exemplo) criando um segundo script de shell que executaria o kdiff3, ele iria codificar o segundo arquivo no próprio script, ou ter que perguntar por ele.
O que você precisa é de uma extensão nautilus / dolphin que chame o kdiff3 para você com os arquivos selecionados.
este é uma extensão do nautilus que faz exatamente isso (suporte keiff3) enquanto diff-ext oferece muito mais recursos e funciona até mesmo no Windows.