Perguntas sobre 'qsub'

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Existe alguma desvantagem em usar o qsub para executar tarefas o tempo todo?

Quando estou executando uma tarefa em uma rede de computadores? Eu comecei a perceber que, se eu qsub qualquer tarefa, a tarefa não vai monopolizar o meu terminal, e eu posso fazer outras coisas no mesmo terminal (o que é bastante útil mesmo s...
26.01.2012 / 07:02
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resultados diferentes no terminal vs submissão qsub

Estou tentando executar um comando no terminal e também enviá-lo ao cluster, mas estou obtendo resultados diferentes. Quando eu digito no terminal isso: $ for i in *_1.fastq.gz; do echo $i >> t.txt; zcat $i | \ grep "GCTGGCAAAAAG...
09.07.2018 / 19:55
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awk não se comportando com qsub

Estou tentando executar um comando que é algo como isto intersectBed -a yeast.v2.bed -b cov.txt -wa -wb | awk -v OFS="\t" '{print $7,$8,$9,$6,$11,$10}' > out.txt out.txt parece com isso chrI 151006 151096 0 chrI 142253 1426...
15.03.2017 / 17:01
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Como especificar o número de processadores, no comando qsub para SGE:

Eu tenho um arquivo python, que quero executar no SGE. No começo eu usei: qsub main.py Agora, quero especificar o número de processadores, a quantidade de memória e o tempo máximo de execução. Eu segui este exemplo , mas não funcio...
26.11.2018 / 15:48
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Defina vários ambientes python em bash_profile

Eu tenho dois ambientes Python (miniconda), um é o Python 2 e o outro é o Python 3. O principal que estou usando é o ambiente do Python 3, chamado "py3env". Isso está no meu bash_profile como PATH, então quando eu estou executando um script de t...
20.11.2018 / 11:55
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Como especificar vários nós ao enviar tarefas para um cluster?

Eu quero acessar um cluster com 10 nós para executar alguns trabalhos. O não. de núcleos para cada nó é diferente, alguns com 64, alguns 48, alguns 16. Eu quero modificar os seguintes comandos para que eu possa especificar quais nós usar,...
12.11.2018 / 08:30
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Como executar o mesmo comando para executar um arquivo em vários diretórios?

Eu quero fazer o seguinte, tenho um conjunto de diretórios: por exemplo) 400K 500K 600K e assim por diante Em cada diretório eu tenho um arquivo "run.pbs", que eu quero enviar através do lote com "qsub run.pbs". Eu estava fazendo algo c...
01.11.2018 / 15:44
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Como encontrar o local do script Bash de dentro, quando ele está sendo lançado como trabalho PBS?

Existe alguma maneira de obter a localização do script Bash de dentro, quando ele está sendo lançado em um trabalho PBS? Eu tentei $BASH_SOURCE , mas ele contém outro caminho para a pasta do trabalho, em vez daquele onde o script está local...
27.08.2018 / 01:11
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Enviando trabalhos HPC em um trabalho HPC

Eu tenho um script grande que depende de argumentos de entrada (com getopts). Um desses argumentos é um diretório contendo arquivos (todos denominados * bam). Esse script tem 2 partes: Parte1: com base nos arquivos de entrada * bam, calcule...
21.08.2018 / 18:55
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qsub jobsubmission com python argparse

sem qsub, eu corro o trabalho como: python3 ./runspr_new2.py --SCF onde o --SCF é definido em runspr_new2.py: parser = argparse.ArgumentParser(description="generate and run sprkkr input", formatter_...
17.05.2018 / 13:59