Quando estou executando uma tarefa em uma rede de computadores? Eu comecei a perceber que, se eu qsub qualquer tarefa, a tarefa não vai monopolizar o meu terminal, e eu posso fazer outras coisas no mesmo terminal (o que é bastante útil mesmo s...
Estou tentando executar um comando no terminal e também enviá-lo ao cluster, mas estou obtendo resultados diferentes.
Quando eu digito no terminal isso:
$ for i in *_1.fastq.gz; do echo $i >> t.txt; zcat $i | \
grep "GCTGGCAAAAAG...
Estou tentando executar um comando que é algo como isto
intersectBed -a yeast.v2.bed -b cov.txt -wa -wb | awk -v OFS="\t" '{print $7,$8,$9,$6,$11,$10}' > out.txt
out.txt parece com isso
chrI 151006 151096 0
chrI 142253 1426...
Eu tenho um arquivo python, que quero executar no SGE.
No começo eu usei:
qsub main.py
Agora, quero especificar o número de processadores, a quantidade de memória e o tempo máximo de execução.
Eu segui este exemplo , mas não funcio...
Eu tenho dois ambientes Python (miniconda), um é o Python 2 e o outro é o Python 3. O principal que estou usando é o ambiente do Python 3, chamado "py3env". Isso está no meu bash_profile como PATH, então quando eu estou executando um script de t...
Eu quero acessar um cluster com 10 nós para executar alguns trabalhos.
O não. de núcleos para cada nó é diferente, alguns com 64, alguns 48, alguns 16.
Eu quero modificar os seguintes comandos para que eu possa especificar quais nós usar,...
Eu quero fazer o seguinte, tenho um conjunto de diretórios:
por exemplo) 400K 500K 600K e assim por diante
Em cada diretório eu tenho um arquivo "run.pbs", que eu quero enviar através do lote com "qsub run.pbs".
Eu estava fazendo algo c...
Existe alguma maneira de obter a localização do script Bash de dentro, quando ele está sendo lançado em um trabalho PBS?
Eu tentei $BASH_SOURCE , mas ele contém outro caminho para a pasta do trabalho, em vez daquele onde o script está local...
Eu tenho um script grande que depende de argumentos de entrada (com getopts). Um desses argumentos é um diretório contendo arquivos (todos denominados * bam). Esse script tem 2 partes:
Parte1: com base nos arquivos de entrada * bam, calcule...
sem qsub, eu corro o trabalho como:
python3 ./runspr_new2.py --SCF
onde o --SCF é definido em runspr_new2.py:
parser = argparse.ArgumentParser(description="generate and run sprkkr input",
formatter_...