Perguntas sobre 'sed'

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Sed é conhecido como Stream Editor, pois pode executar várias funções de filtragem e / ou transformação na entrada padrão ou em arquivos especificados pelo usuário. É comumente usado para pesquisar e substituir em arquivos de texto. Se sua pergunta for sobre processamento de texto, essa tag provavelmente será apropriada
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samtools / sed para edição do arquivo bam

Eu tenho o seguinte comando sed que altera o nome do cromossomo: for file in /myoldpath/*.bam; do filename=echo $file | cut -d "." -f 1 samtools view -H $file | sed -e 's/SN:([0-9XY])/SN:chr/' -e 's/SN:MT/SN:chrM/' | \ samtools reheader...
06.01.2017 / 10:12
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Como alterar a primeira linha somente em determinados arquivos em uma pasta usando sed

Sou novo nessas coisas, então espero na ajuda de alguém. Estou fazendo isso na versão de 32 bits do Windows Vista. Eu tenho 2 pastas na minha área de trabalho: folder_a (com sed.exe) e folder_b com esses arquivos: sand.txt tree.txt chair.t...
17.11.2016 / 21:57
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Remove uma parte específica da linha

Eu tenho um arquivo csv que tem muitas linhas de carimbos de data / hora no seguinte formato HH: MM: SS: MS Por exemplo: 00.00.07.38 00.00.08.13 00.00.08.88 A hora não é relevante para mim, então eu gostaria de encerrar. Como f...
14.11.2016 / 14:01
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tentando adicionar texto antes e depois de algum texto

Eu tentei os seguintes comandos: A execução da linha abaixo fornece o texto de saída mencionado. cat $tmp_list_address | sort | uniq | sed 's/^/address=\//;s/$/\/192.168.1.1/' > $tmp_list_final A execução da linha abaixo fornece...
30.10.2016 / 17:07
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Como adicionar múltiplas linhas em um arquivo depois de um padrão que também é multi-linha?

Eu tenho um arquivo onde eu preciso adicionar um conjunto de linhas depois de algum padrão. O problema é que eu não sou capaz de lidar com o padrão que tem várias linhas. Padrão <stringProp name="TestPlan.user_define_classpath"><...
07.09.2016 / 06:31
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Preencher matriz com uma combinação sed / echo

Estou tentando renomear vários arquivos contendo datas. Eu quero dividir a data em ano, mês e dia e, em seguida, criar um novo nome de arquivo em uma árvore de diretório como ano / mês-ano / filename_yearmonthday.extension Já consegui criar u...
25.08.2016 / 10:35
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Remover espaço entre chaves aninhadas

Como posso remover espaço entre strings entre a primeira ocorrência de ( e a última ocorrência de ) . Diga se eu tenho uma string como (remove space ( fromthefile )between space). Eu deveria ter saída como (removespace(fromthefile...
17.08.2016 / 17:04
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como usar o comando sed para substituir tudo antes da segunda ocorrência?

Meus sites foram infectados por alguns malwares mal-intencionados que inseriram códigos maliciosos em pelo menos 3135 arquivos (todos os meus sites do wordpress). Este é um dos arquivos infectados: link E aqui está minha saída desejada:...
07.08.2016 / 14:04
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Remove linhas entre 2 tags (com algumas restrições)

O arquivo de entrada é assim: AAAAAAAAAAA BBBBBBBBBBB Start CCCCCCCCCCC DDDDDDDDDDD Stop EEEEEEEEEEE Stop Rec FFFFFFFFFFF GGGGGGGGGGG HHHHHHHHHHH Start IIIIIIIIIII JJJJJJJJJJJ Start KKKKKKKKKKK LLLLLLLLLLL MMMMMMMMMMM NNNNNNNNNNN Stop Rec OOO...
06.07.2016 / 12:31
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bash para variável de loop não está mudando

Estou interagindo com os índices usados para criar IDs de arquivo de dados. Quando eu crio o nome do arquivo (data_file) e o echo, ele é impresso corretamente, mas quando tento seduzir essa variável nos arquivos desejados, ele apenas coloca o pr...
01.07.2016 / 04:08