Perguntas sobre 'slurm'

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Slurm não filtrando os resultados por data

Estamos usando o Slurm como gerenciador de recursos em nosso cluster Beowulf, portanto, instalei o Slurm em minha estação de trabalho para testar meus scripts antes de enviá-los ao cluster. Quando tento listar trabalhos antigos na minha estaç...
15.06.2017 / 19:36
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SLURM: nome de saída padrão personalizado

Ao executar uma tarefa do SLURM usando sbatch , o slurm produz um arquivo de saída padrão que se parece com slurm-102432.out (slurm-jobid.out). Gostaria de personalizar isso para (yyyymmddhhmmss-jobid-jobname.txt). Como faço para fazer isso?...
26.05.2016 / 16:40
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Executando o GNU Parallel em 2 ou mais nós com o scheduler do Slurm

Estou tentando distribuir execuções independentes de um processo usando o GNU Parallel em um HPC que usa o gerenciador de carga de trabalho Slurm. Resumidamente, aqui está a configuração da análise de dados: Script # 1: myCommands ./myscri...
30.01.2017 / 19:24
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Como verificar variáveis ambientais do SLURM programaticamente?

Como posso acessar programaticamente as variáveis ambientais do SLURM, como MaxArraySize ou MaxJobCount ? Eu gostaria de particionar meus arrays de trabalho em partes do tamanho máximo permitido. Esta informação pode ser consultada com qual...
12.05.2017 / 12:32
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Macros de linha de comando em comentários usando o SLURM

Na minha opinião, os comentários são comentários são comentários. Eles nunca devem mudar o estado do programa. Infelizmente, as pessoas em SLURM não concordam. O SLURM requer que a seguinte sintaxe (ou algo similar) exista na frente de um a...
25.11.2014 / 00:31
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Usando o SLURM sem um recurso

Suponha que meu super computador tenha o seguinte NODELIST com os recursos incluídos: NODELIST FEATURES NodeA (none) NodeB specialfeature e estou tentando avaliar o desempenho usando ou não o recurso specialfeature...
05.01.2015 / 19:58
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Possíveis efeitos do slurmstepd: erro: Excedeu o limite de memória do passo em algum momento?

Eu tenho uma pergunta para aqueles que estão familiarizados com o agendador Slurm. Às vezes eu recebo a seguinte mensagem de erro slurmstepd: error: Excedeu o limite de memória passo em algum momento. Eu sei que significa que a memória alocad...
26.04.2017 / 14:58
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'watch' comando com tubulação '|' [duplicado]

Eu quero continuar monitorando um trabalho específico em um slurm worload like cluster. Tentei usar o comando watch e grep o id específico. Se o ID do trabalho for 4138 , tentei $> watch squeue -u mnyber004 | grep 4138 $> s...
27.08.2018 / 19:10
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Watch-comando-alias-expansão E preciso usar aspas

Minhas perguntas são semelhantes à pergunta de observação aqui , mas com uma diferença. Eu preciso usar aspas, que parecem ser removidas por um relógio alias. Eu quero executar o relógio em um comando de slurm custom squeue: $alias squeue...
06.07.2018 / 15:40
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Executando uma matriz de tarefas de slurm [closed]

Eu tenho um job_array.sh com 23 tarefas: > angsd -i ./realigned_RSFV1A.bam -anc ./BF_genome.fa -gl 1 -doSaf 1 -doSnpStat 1 -doMajorMinor 1 -doMaf 1 -doGeno 6 -doCounts 1 -doPost 1 -nThreads 24 -out ./RSFV1A -sites ./beng_wbm_par15_varcal.p...
08.09.2018 / 03:31