Estou um pouco atrasado para a festa, mas estou vendo esse problema no Linux Mint MATE (mate-terminal).
Parece que simplesmente pegar o conteúdo da área de transferência e depois repassá-lo para a área de transferência novamente será suficiente. Se este for o caso, então só precisamos nos preocupar em testar se o conteúdo da área de transferência inclui um ou mais caminhos de arquivo válidos e deixar o restante sem ser importado.
O seguinte irá soltar o prefixo file: // no Mint:
%pre%Se você fosse implementar esse tipo de abordagem, provavelmente também desejaria daemonizá-lo. O módulo pyperclip pode ser obtido com:
%pre%