Este problema tem me deixado louco! Fico feliz em dizer que encontrei algo que funciona.
Parece que existe um erro no diálogo "Outros" locais de arquivos. Se você tentar configurá-lo usando o que ele bagunça e padronizar o seu diretório home. Não é útil.
Eu uso o Ubuntu One para a minha sincronização, então vou colocar as coisas nesses termos. Ele funcionará tão bem para o Dropbox.
No seu gerenciador de arquivos, vá para o diretório do Ubuntu One, crie seu novo diretório, usei o nome imaginativo "Tomboy Notes".
Agora, marque a localização para que apareça no menu à esquerda.
Entre no Tomboy.
Limpe qualquer configuração de sincronização que você tenha, clique em "Folder Path" e clique no diretório "Tomboy Notes" (se é assim que você o chamou).
Clique em salvar.
Clique em sim para sincronizar.
Trabalho feito.
Editar: Limpeza opcional: Agora, o link para o diretório correto foi estabelecido, você não precisa mais do marcador, é seguro excluir.