Você parece ter sido afetado por este bug no gdm3. deseja se inscrever para que você seja notificado quando for consertado.
Para confirmar, emita o comando cat /etc/X11/default-display-manager
, que deve exibir o caminho completo do seu gerenciador de exibição. Você pode ir tão longe como para alterar os gerenciadores de exibição como uma solução alternativa. Isso deve levá-lo um pouco mais longe, espero que isso e uma reinicialização resolvam o problema de muitos arquivos abertos também.