Eu gosto muito do FreeMind para fazer anotações - é um aplicativo de mapas mentais.
Você pode criar bolhas para cada tópico e colocar notas detalhadas em cada uma, decorar as bolhas com ícones e dividir clusters grandes em seus próprios arquivos vinculados.
O FreeMind é escrito em Java e também funciona no Windows e no OSX.
Para anotações mais prosaicas, muitas vezes me encontro usando um TiddlyWiki - este não é um aplicativo do Ubuntu por si só, é apenas uma página HTML com algum JavaScript embutido nela. Você pode fazer anotações e links entre os tópicos facilmente, muito parecido com o Tomboy. Eu tenho um TiddlyWiki vazio no meu diretório de templates para que eu possa criar um novo com um clique do botão direito do mouse a qualquer momento.
Ambas as abordagens funcionam bem em qualquer sistema operacional principal - e o TiddlyWiki nem precisa que você instale nada.