Você pode baixar qualquer aplicativo de bloqueio de pastas do Windows que funcione com o Wine. É isso aí. Aqui um aplicativo você pode dar uma chance.
Agora, para seus medos de vírus e malware no Wine, dê uma olhada neles:
Recentemente, eu estava pensando que, durante a execução do vinho, um aplicativo que contém um vírus pode ser injetado na pasta do Windows. Não sei se isso é possível, mas seria bom proteger a senha da pasta do Windows para alterá-la.
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