Você já tentou editar o arquivo /usr/share/glib-2.0/schemas/com.canonical.indicator.session.gschema.xml
simplesmente mudando isso:
<key type="b" name="user-show-menu">
<default>true</default>
<summary>Determine the visibility of the User Menu</summary>
<description>Allow for the user menu to be hidden by the user.</description>
</key> </code>
para isso ( true para false ):
<key type="b" name="user-show-menu">
<default>false</default>
<summary>Determine the visibility of the User Menu</summary>
<description>Allow for the user menu to be hidden by the user.</description>
</key>
Em seguida, faça um backup de /usr/share/glib-2.0/schemas/gschemas.compiled
Então corra
sudo glib-compile-schemas /usr/share/glib-2.0/schemas
Normalmente, isso é definido como padrão para todos os usuários.
ATUALIZAÇÃO:
Florian Diesch apontou nos comentários que é melhor escrever um arquivo de substituição, porque o .xml pode ser sobrescrito em uma atualização, ou as configurações serão perdidas. Portanto, em vez de modificar diretamente o gschema.xml, crie um arquivo /usr/share/glib-2.0/schemas/myoverride.gschema.override
com o seguinte conteúdo:
[com.canonical.indicator.session]
user-show-menu=false
O restante é o mesmo: backup e compilação.