O OP postou o seguinte como uma edição para sua pergunta. Eu estou reproduzindo isso como uma resposta.
Consegui corrigir o meu problema ao forçar a instalação da versão do pulseaudio-equalizer no webupd8 ppa. Aqui está o que eu fiz:
1 - Instale o webupd8 ppa
sudo add-apt-repository ppa:nilarimogard/webupd8
sudo apt-get update
2 - Usando o Gerenciador de Pacotes Synaptic procurei e selecionei "pulseaudio-equalizer". No menu "Package" eu escolhi "Force Version", então eu selecionei 2.7.0.2-5 ~ webupd8 ~ xenial0. Isso também instala várias dependências.
Agora funciona como antes. Eu acho que isso é tecnicamente um "downgrade", mas eu vou fazer um downgrade funcional com uma atualização que não funcionará.