O aplicativo é algo com interface do usuário separada, por exemplo, calculadora ou GIMP.
O aplicativo no Terminal é um software de linha de comando que deve ser executado dentro do emulador de terminal. Caso contrário, você não pode interagir com isso.
Basicamente, selecione Applucation para software com interface gráfica de usuário e Application in Terminal para utilitários de linha de comando e scripts.
Você pode testar isso com 'top', por exemplo, criar um atalho com e sem terminal, e você pode ver a diferença.