Isso pode ser causado pelo Windows "sincronizando" sua imagem de hibernação com o estado alterado do sistema de arquivos.
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A solução seria não usar a hibernação no Windows. Ubuntu não está em falta:)
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Estou trabalhando com o Windows 7 e o Ubuntu no meu laptop. Ao usar o Ubuntu eu costumo salvar muitos arquivos em minha partição do Windows (ntfs), que eu uso como um tipo de armazenamento comum entre os dois sistemas operacionais. A coisa é, ontem, alguns dos meus arquivos que criei na partição ntfs simplesmente desapareceram. Então me deparei com este post
Os arquivos desaparecem na partição NTFS
e rodou o chkdisk, então os arquivos reapareceram perfeitamente. O problema é que agora não me sinto confortável usando o Ubuntu porque tenho medo de que os arquivos desapareçam.
Existe uma maneira de corrigir permanentemente esse problema? Eu pensei que os problemas do ntfs já haviam sido superados no kernel do linux.