Quando você tem uma unidade de rede montada em seu computador, isso significa que ela precisa atualizar o status toda vez que você abrir o nautilus. Porque a unidade aparecerá no painel esquerdo, onde estão seus favoritos.
Minha sugestão é desmontar a unidade quando não for usada, a fim de evitar o tempo necessário para carregá-la sempre que o nautilus for aberto OU você pode deixar uma janela com o Nautilus ficar aberto em segundo plano o tempo todo, então não demorará muito para carregar.
Eu não tenho certeza se essas sugestões vão funcionar para você, mas eu acho que sim com base no que eu experimentei. No entanto, se eu estiver errado sobre isso, eu sinto muito.