Perguntas sobre 'pattern-matching'

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Comparando dois arquivos linearmente e se o padrão do arquivo 1 não for encontrado (total ou parcialmente) no arquivo 2, imprima a linha do arquivo 1

Eu tenho dois arquivos: arquivo1 (pesquisa): 1 GACGGAGGATGCAAGTGTTATCCGGAATCACTGGGCGTAAAGTTTTTTTTT 2 GACGGAGGATGCAAGTGTTATCCGGAAT 3 GACGGAGGATGCAAGTGTTATCCGGAATCACTGGGCGTAAAGCGTCC 4 GACGGAGGATGCAAGTGTTATCCGGAATCACTGGGCCGTCCGT...
12.03.2018 / 10:44
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Use sed para imprimir linhas selecionadas dentro de um intervalo

Considere o arquivo simplificado AAA BBB CCC1 DDD EEE CCC2 DDD FFF GGG CCC3 HHH Eu posso escolher o intervalo EEE to FFF com sed -n '/EEE/,/FFF/p' Suponhamos que eu queira imprimir qualquer linha contendo C , mas somente de...
29.09.2018 / 11:43
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grep conteúdo de uma lista com outra

Eu tenho 2 arquivos e quero aplicá-los Lista1 ACY1 RPL3 RPL4 Lista2 1 ABHD14A-ACY1 2 ACY1 3 RPL34 4 RPL21 5 RPL3 6 RPL41 Eu tentei algo assim grep -Fwf list1.txt list2.txt e recebi isso 1 ABHD14A-ACY1 2...
31.10.2018 / 23:33
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Linhas de correspondência entre dois padrões usando sed apenas uma vez [duplicado]

Dado: sed -e '/pattern1/,/pattern2/!d' file.org Como posso corresponder a primeira ocorrência das linhas entre pattern1 e pattern2, mas não o resto? Por exemplo: pattern1 aaaa pattern2 pattern1 bbb pattern deve produzir: aaa...
06.04.2018 / 19:48
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Grep para palavra tronco e imprimir somente palavra (e não linha)

Estou tentando imprimir apenas uma palavra correspondente encontrada por meio de uma expressão regular. Abaixo, quero todas as opções OPENSSL_NO_* presentes no código-fonte: $ grep -IR OPENSSL_NO fuzz/asn1.c:#ifndef OPENSSL_NO_RFC3779 fuzz...
29.01.2018 / 16:52
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Como negar o operador de correspondência de expressão regular do Bash

O Bash tem o operador de correspondência de expressão regular =~ . Aqui é um exemplo de uso: #!/bin/bash input=$1 if [[ "$input" =~ "[0-9][0-9][0-9]-[0-9][0-9]-[0-9][0-9][0-9][0-9]" ]] # ^ NOTE: Quoting not necessary, a...
24.10.2018 / 02:48
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grep vários padrões com contexto diferente

Eu tenho um arquivo mais ou menos como header_one param1 param2 ... data_one data1 data2 data3 data4 ... header_two param1 param2 ... data_two data1 data2 data3 data4 Gostaria de extrair todos os header blocos com N seguindo as l...
19.06.2018 / 09:43
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Reconhecimento de padrões entre duas sentenças em um arquivo que possui espaços e caracteres especiais?

Eu tenho um arquivo no qual quero imprimir todas as linhas entre dois padrões. Pattern1 = # Begin TRACE A Data e Pattern 2 = # Done Data $capture , quero imprimir todas as linhas entre pattern1 e pattern2. Arquivo 1: # Lower Limit LI...
03.05.2018 / 12:07
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Sed busca e exclusão combinando dois padrões, um dos quais é uma variável

Eu tenho um arquivo que contém várias instâncias de código que preciso excluir. Aqui está um exemplo: !/bin/bash mkdir /rootdir/pipeline_runs/oncology/analysis/sample_1_NA172_1 cd /rootdir/pipeline_runs/oncology/analysis/sample_1_NA172_1 ln -...
28.11.2018 / 09:47
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como corresponder uma coluna de um arquivo 1 ao texto de outro arquivo 2, se ele corresponder ao arquivo de impressão 2

Arquivo 1 Name,TaxID,Lineage,Count,Proportion_All(%),Proportion_Classified(%) Acaryochloris marina,155978,Bacteria;Cyanobacteria;;Synechococcales;Acaryochloridaceae;Acaryochloris,4,0.000218669,0.00120249 Anabaena cylindrica,1165,Bacteria;Cyan...
11.10.2018 / 01:45