O ClamAV é uma ferramenta de scanner e só verifica o que o usuário diz para digitalizar. Não é executado em segundo plano, pelo menos por padrão.
Não há necessidade de usar o ClamTK para fazer o ClamAV funcionar. É apenas uma vantagem para as pessoas como não gostam de terminal e preferem botões. Você ainda pode usar o ClamAV usando a linha de comando.