Perguntas sobre 'bioinformatics'

Tags
1
resposta

Extraindo Colunas e Linhas de um Arquivo [fechado]

Eu tenho uma lista de 164 SNPs que preciso combinar com um arquivo .txt muito grande de um banco de dados e extrair algumas colunas e linhas correspondentes aos SNPs daquele arquivo de texto e imprimi-lo em um novo arquivo de texto.     
09.03.2018 / 17:31
2
respostas

Extrai o valor do texto formatado com o bash

Eu tenho um arquivo .fasta, que é estritamente um texto formatado contendo algumas informações sobre o DNA. Aqui está sua estrutura comum: >NODE_18_length_75451_cov_83.3021 TGAACCGCTTGCCAAATATTTTCCGTCCGGACTTACGGCAACGGAAAGGAC >NODE_3_len...
13.02.2018 / 10:28
2
respostas

Usando a subfunção awk para numerar seqüencialmente os cabeçalhos fasta

Eu sou novo em scripts de shell e estou tentando numerar sequencialmente os cabeçalhos em um arquivo fasta. As seqüências no meu arquivo fasta são assim: >Rodentia sp. MALWILLPLLALLILWGPDPAQAFVNQHLCGSHLVEALYILVCGERGFFYTPMSRREVED PQVGQVELG...
30.09.2017 / 14:07
2
respostas

Combinando os valores nos campos e atribuindo-lhes a identidade com base na correspondência

chr:pos1:pos2 Sun NC S1 S2 S3 S4 S9 S11 S14 S15 S16 S17 S18 S19 S28 S29 S30 S33 S34 S35 S36 S37 S38 S39 Aradu.A01:100145549:100145556 AG A...
05.05.2017 / 01:07
1
resposta

Removendo a segunda seqüência de primers do FASTQ

Eu tenho arquivos FASTQ de uma execução de sequenciamento e estou tentando remover a seqüência do segundo primer de indexação com o Unix. Abaixo estão as primeiras linhas do arquivo FASTQ. Estou tentando remover +AGCGCGAT da primeira linha,...
18.02.2017 / 22:40
1
resposta

Problema se existe um diretório

Eu tenho o seguinte código: #!/bin/bash while read line do echo "line" $line if [[ -d ../Results/${line}_Forward && -d ../Results/${line}_Reverse ]] then cd ../Results/COMBI mkdir ./${line}_COMBI cd .....
15.01.2017 / 13:49
2
respostas

Remover linhas com menos de 5 duplicadas

Eu tenho um dado parecido com isso, para cada SNP, ele deve repetir 5 vezes com beta diferente. Mas, para o SNP rs11704961, ele só é repetido duas vezes, portanto, desejo excluir as linhas do SNP que são repetidas menos de 5 vezes. Eu tentei usa...
12.11.2016 / 00:26
2
respostas

Como cortar uma sequência rápida em números específicos e gerar ORFs

Eu tenho um arquivo como mostrado abaixo: CDS join(36..56,37..67) CDS 36..183 CDS 457..565 CDS join(505..519,521..596) CDS join(577..591,725..770) CDS join(516..591...
23.06.2016 / 11:48
2
respostas

Como colar sobre coluna por coluna de correspondência separada

Eu tenho estes dois arquivos: file1.txt 0 rs3094315 0 0 C T 0 rs12562034 0 0 A G 0 rs3934834 0 0 C T file2.txt Chr,Pos,snp_name 1, 742429,rs3094315 Onde a primeira coluna do arquivo1 também é um...
02.02.2016 / 04:08