Perguntas sobre 'bioinformatics'

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Atualiza os valores de um arquivo usando informações de outro arquivo

Arquivo 1: P SNP: 0.266234 1:11008 0.266234 1:11012 0.340042 1:13110 0.86724 rs201725126 0.86724 rs200579949 0.127269 1:1327 Arquivo 2: snp chr:pos rs201725126 1:10020 rs200579949 1:10055 r...
10.06.2017 / 01:52
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mesclar arquivos em um único dataframe

Eu tenho quase 160 arquivos txt, cada arquivo tem 7 colunas e agora eu quero colocar isso em um arquivo. Cada arquivo 1ª e 6ª coluna de dados (Geneid, Length) é o mesmo, então eu só quero que seja a 1ª e a 2ª coluna no arquivo final, e de todos...
11.10.2017 / 12:21
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manter apenas as colunas no primeiro arquivo que seus números de coluna correspondem aos números no segundo arquivo

Eu tenho um genotype.file com 317 colunas (1, 2, 3, ..., 317). No exemplo abaixo, estou mostrando apenas as primeiras colunas! Entrada genotype.file : Chr00c0002 56240 N N N A N A N N N N N A Chr00c0040 550...
06.10.2017 / 20:42
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Comparando dois arquivos linearmente e se o padrão do arquivo 1 não for encontrado (total ou parcialmente) no arquivo 2, imprima a linha do arquivo 1

Eu tenho dois arquivos: arquivo1 (pesquisa): 1 GACGGAGGATGCAAGTGTTATCCGGAATCACTGGGCGTAAAGTTTTTTTTT 2 GACGGAGGATGCAAGTGTTATCCGGAAT 3 GACGGAGGATGCAAGTGTTATCCGGAATCACTGGGCGTAAAGCGTCC 4 GACGGAGGATGCAAGTGTTATCCGGAATCACTGGGCCGTCCGT...
12.03.2018 / 10:44
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Escreva o nome do arquivo antes de um padrão dentro daquele arquivo

Eu tenho milhares de arquivos semelhantes e gostaria de escrever seus respectivos nomes depois de um padrão dentro deles. Por exemplo: ** o nome do arquivo 1 é nexus0000 dentro do arquivo existe: >Pseudomonas_1M ATGATCCGCTTCGAGCAGGTC...
30.06.2017 / 21:21
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Como ordenar dados pelos números na terceira coluna? [duplicado]

Se eu tiver um arquivo com dados que se pareça com o seguinte, como classificaria os dados com base nos números da terceira coluna? O espaço entre as duas primeiras colunas NÃO é delimitado por tabulações, mas algum número de espaços. O espaço...
03.02.2016 / 23:30
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contando o número de linhas com texto específico e extraindo linhas de ocorrências positivas [closed]

Eu tenho um arquivo de texto e quero contar o número de vezes que uma linha tem um texto específico. A primeira linha de texto é escrita em 5 colunas e a outra linha de texto em 6 colunas: A linha de 5 colunas: ***** No hits found *****...
10.05.2017 / 22:51
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como imprimir se uma linha contiver um padrão específico e não imprimir se não contiver o padrão

">16RI1_0 M01230:42:000000000-AWMRD:1:1101:15012:1778 1:N:0:0 TATCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGGCGGCCATGCAAGTCAGAAGTGAAAAC ">16RA2_1 M01230:42:000000000-AWMRD:1:1101:15923:1780 1:N:0:0 TTGTCCGGATTTATTGGGCGTAAAGCGAGCGCAGGCGGTTTCTTAAGTCTGA...
31.01.2017 / 08:35
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Extraindo subconjunto do arquivo fasta

Eu tenho um arquivo fasta que se parece com isso: >chr1 ACGGTGTAGTCG >chr2 ACGTGTATAGCT >chrUn ACGTGGATATTT >chr21 ACGTTGATGAAA >chrX GTACGGGGGTGG >chrUn5 TGATAGCTGTTG Eu só quero extrair chr1 , chr2 , chr21 , chr...
05.01.2016 / 23:03
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saída de explosão do filtro para o valor e

Eu executei um BlastX no banco de dados SwissProt com um limite de valor de 1e-3. A saída é semelhante a: >TCONS_00006082 sp|P43298|TMK1_ARATH 57.89 57 23 2 459 292 751 806 8e-11 67.4 >TCONS_00006082...
24.03.2015 / 07:40