Eu tenho um arquivo .bed contendo cerca de 30.000 linhas para as quais tenho as seqüências recuperadas usando fetch-sequences module da ferramenta rsat ( link ). [Nota: Esta ferramenta conecta-se ao servidor a cada vez para recuperar as seqüê...
Por isso, tenho algumas configurações de texto na segunda e terceira colunas do meu arquivo da seguinte forma:
GO:0005634^cellular_component^nucleus'GO:0003677^molecular_function^DNA binding'
Eu quero me livrar de todo o texto relaciona...
Eu quero remover quatro linhas de um arquivo fastq. Por exemplo, geralmente o arquivo se parece com isto: (para cada amostra corresponde a quatro linhas)
@M04241:303:000000000-BR896:1:1102:21438:12389 1:N:0:TATGGCAC
TGTCAGCCGCCGCGGTAATACGGAGG...
Estou tentando comparar colunas do mesmo arquivo. A tabela é assim:
G A AA GG CC TT CT
C T CC TT GG GG AA
O que eu quero fazer é comparar a primeira e a segunda colunas com o restante e ver se elas contêm parte da primeira ou se...
De um arquivo como este (árvore filogenética na qual o ramo suporta está entre 0 e 1):
(AJirio:0.00207,(AJama:0.00176,(AJtok:0.00034,AJkago:0.00057)0.832000:0.00080)0.934000:0.00111)0.923000
Eu preciso obter isso (árvore filogenética em...
Eu tenho um arquivo que tem seções com tabelas diferentes. Eu quero somar todos os valores contidos em cada coluna com o cabeçalho N * dN
Por exemplo:
omega (dN/dS) = 999.00000
dN & dS for each branch
branch t N...
Eu tenho um arquivo com intervalos começando na coluna "start" e terminando na coluna "end". Eu tenho que extrair o início e o fim desses intervalos de acordo com um comprimento definido que está escrito na quarta coluna. Também tenho que imprim...
Eu tenho dez arquivos .bam (formato de bioinformática) e gostaria de convertê-lo para 10 arquivos .bed, mas para essa conversão eu preciso usar um comando especial
bedtools bamTobed -i (input file) > output file.bed
Eu tenho 2 arquivos. Se os campos 1, 2, 4 e 5 do arquivo 1 e do arquivo 2 corresponderem, quero imprimir toda a linha do arquivo1 e do arquivo2, um após o outro, no meu arquivo de saída.
Arquivo1:
sc2/80 20 . A...