Eu tive o mesmo problema: o XUbuntu 12.10, dois monitores, e tive que redefinir o layout da minha tela com o ARandR cada vez que eu fazia o login. Por padrão, ele queria "espelhar" os monitores.
Eu configurei os monitores da maneira que eu queria em ARandR e salvei um único layout em ARandR, dual_monitor.sh. ("Layout | Save As" do menu ARandR.) O arquivo foi para /home/user/.screenlayout/dual_monitor.sh. Fiquei agradavelmente surpreso ao descobrir que isso era tudo que eu tinha que fazer. Sem mais ajustes, fiz o logout, entrei de novo e a configuração de dois monitores estava em vigor.
Não tenho resposta para a parte do switch HDMI da pergunta.