Não há lugar central para aplicar as configurações do mouse globalmente.
Por quê?
Vamos rever como uma sessão de usuário começa em um ambiente de janela X (GNOME, KDE, XFCE, etc.)
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um gerenciador de exibição inicia o servidor X que lê seu arquivo de configuração xorg.conf e mostra uma janela de login (normalmente criada por um programa independente de boas-vindas). então a única maneira de alterar as configurações do mouse no momento é através do xorg.conf.
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após o login, um gerenciador de sessão inicia um daemon de configurações que reaplica as configurações armazenadas, o que pode sobrescrever essas configurações no xorg.conf. para diferentes ambientes de desktop, os daemons de configurações são diferentes e eles não têm responsabilidade de respeitar as configurações uns dos outros. Normalmente, há uma interface GUI para cada daemon de configurações.
um esclarecimento sobre o daemon de configurações. no GNOME, é o gnome-settings-daemon enquanto no XFCE é xfsettingsd. No Unity, é o gnome-settings-daemon porque o Ubuntu reutiliza a maior parte da pilha do GNOME.
Voltar aos seus requisitos.
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aplica-se à tela de login
A única maneira de conseguir isso é através do xorg.conf. porque o daemon de configurações não é iniciado no momento.
para mudar o mouse para ser canhoto, consulte como posso configurar um modelo de mouse usb específico como canhoto?
Para alterar a aceleração do mouse, consulte o link -
aplica-se a todas as outras sessões de usuário
isso é simples. todo ambiente de desktop tem programas de configurações. Altere as configurações do mouse de cada ambiente de desktop para o valor desejado.