Eu olho para ver onde o comando está localizado:
xxx:~/mono/mono-2.6.7$ which mono
/usr/local/bin/mono
Se eu executar diretamente, não há problema:
xxx:~/mono/mono-2.6.7$ /usr/local/bin/mono -V
Mono JIT compiler version 2.6.7 (tarball...
02.08.2010 / 18:42